跨市住院转农合的具体操作流程为:患者在异地就医时,可以通过就医医院提供的转诊单或者医疗费用清单,到当地农村合作医疗管理部门办理报销手续。患者需准备好相关的医疗费用和转诊材料,前往当地农合管理部门办理报销手续,按照规定的流程办理即可。在这个过程中,患者应保留好相关发票和病历资料,以便更顺利地进行报销。